XSeeker
XSeeker
Webapp to visualise msms data from any molecule. Takes some mzxml files and process/display them, or, uses a sqlite file produced by xseeker preparator to display ms data and annotate them.
SAMBA
SAMBA
SAMBA (R) est une interface pour analyser les résultats de sampling de réseaux métaboliques générés à partir de SAMBApy sous Python. Elle est composée d'une une partie comparaison (calcul de différence) et une partie visualisation graphique des résultats.
CHaMP
CHaMP
CHaMP is an RShiny app that loads a list of compound masses from twin-peaks analysis, and build a mass difference network from which is extracted the connected component containing a mass of interest. It provides a network visualization of the sub-network that encompass potential metabolic and spontaneous reactions that leads to degradation/metabolization products.
csteviz
csteviz
Visualisation de données et calcul d'indicateurs importants dans le cadre du suivi du plan Ecophyto.
CiTIQUE-TRACKER
CiTIQUE-TRACKER
CiTIQUE-TRACKER est un outil interactif de visualisation des données générées par les citoyens dans le cadre du programme CiTIQUE (recensement des piqûres de tiques).
premhyce
premhyce
Interface de visualisation des prévisions d'étiage produites par la plateforme PREMHYCE en temps réel sur les bassins versants de France métropolitaine et de La Réunion.
Visual Diatoms
Visual Diatoms
L'application permet de visualiser graphiquement les données diatomées disponibles sur la base publique NAIADES. Des graphiques, des cartes et des tableau condensent l’information pour rendre les données plus intuitives et interactives
DRYvER-Hydro
DRYvER-Hydro
This application allows to visualise the spatio-temporal patterns of flow intermittence in river systems and their evolution over recent decades (1980-2021) and under climate change scenarios (2015-2100). The flow intermittence indicators are derived from spatially distributed hydrological modelling of the 6 European river systems studied as part of the DRYvER (Drying rivers and climate change) research project.
BoxplotExplorer
BoxplotExplorer
Représentation de box-plot à partir d'une matrice de données expérimentale. Objectif : Exploration interactive d'une matrice de données pour la recherche de variables réagissant différemment à une condition expérimentale donnée.
sepim-y-predict
sepim-y-predict
Sugarbeet yellows prediction based on risk factors related to the environment and agricultural practices
AgroforesTreeAdvice
AgroforesTreeAdvice
AgroforesTreeAdvice est un comparateur d’avis sur les essences d’arbres à planter en agroforesterie: il regroupe, sous une interface unique et multilingue, plusieurs outils de sélection d'arbres (espèces, variétés, porte-greffes) développés dans plusieurs pays.
rflomics
rflomics
L'application rflomics est un package R couplé à une interface shiny permettant la gestion, l'analyse et l'intégration statistique de plusieurs jeux et types de données -omics: RNAseq,proteomics et metabolomics (pour le moment).
Application de visualisation des maladies du bois de la vigne
Application de visualisation des maladies du bois de la vigne
Cette application présente différents tableaux de bords interactifs sur la base de données d'observations et d'incidences des maladies du bois de la vigne dans les grands bassins viticoles du territoire français.
SequencesRPG
SequencesRPG
Carte leaflet à l'échelle de la France entière permettant de visualiser la diversité des cultures dans le temps, sur la période 2015-2021. Les données sont des rasters fournies au format .tif et contiennent des données sur le nombre de cultures, de familles botaniques, si la séquence de culture est en monoculture ou quasi-monoculture de maïs ainsi qu'un calcul de l'inverse de l'indice de Simpson (indice de diversité).
Piquet Phacc
Piquet Phacc
Visualisation/récupération des données (photos et mesures environnementales) acquises par le dispositif 'Piquet connecté' développé au sein de l'UE PHACC (B. Adam, N. Drogue).
Meteo Phacc
Meteo Phacc
MeteoPhacc permet la visualisation de données météorologiques mesurées par les stations du réseau agroclim, associées avec des prévisions météorologiques du site météociel.
ExplorPAB
ExplorPAB
ExplorePAB est une interface permettant d'explorer les données 'Prime Air Bois' de l'ADEME et l'AGEDEN sur les territoires du Grésivaudan, Pays Voironnais, et Grenoble-Alpes-Métropole. Les visualisations sont faites à partir des dossiers de demande de primes suite au remplacement d'un équipement de chauffage au bois. Elles visent à mieux comprendre le comportement des demandeurs sur le territoire
easyReg
easyReg
EasyReg is a web application developed in R using Shiny that fits polynomial, sigmoidal, and spline regressions onto the data uploaded by the user, with a variety of fitting and display options. It also shows comparative R-squared and deviance graphs to better choose the fitting options best tailored to the data; it displays the first derivative and allows for the prediction and download of new values following the fitting model.
Rosetta
Rosetta
Application pour l'exploration, l'interrogation, la visualisation et l’interprétation fonctionnelle d'un ensemble pre-processé de données épigénétiques (ATAC-seq) correspondant à la régulation temporelle des réseaux de transcription pendant la régénération des axones du système nerveux central chez le poisson zèbre.
maelia-itk
maelia-itk
Cette application fournit une interface graphqique pour la saisie des itinéraires techniques et de leurs règles de décision. Elle génère un fichier faisant partie des données d'entrée de la plateforme de modélisation MAELIA.
diaphen-app
diaphen-app
L'application diaphen-app permet de visualiser les données des capteurs du plateau Diaphen aux personnes qui en ont besoin. Que ce soit pour du pilotage ou pour de la consultation. L'application permet également de transférer les données des expérimentations sur la plateforme PHIS.
MAKAHO
MAKAHO
MAKAHO (pour MAnn-Kendall Analysis of Hydrological Observations) est un système de visualisation cartographique interactif permettant d’examiner les #tendances présentes dans les données des stations hydrométriques aux débits peu influencés par les actions humaines. Le test de Mann-Kendall permet d’analyser la #significativité des tendances de variables hydrologiques sur les différentes composantes du régime des cours d'eau (étiages, moyennes-eaux, crues), à mettre ensuite en #relation avec les impacts du changement climatique sur l’hydrologie de surface.
Alpages Sentinelles
Alpages Sentinelles
L'application sert à visualiser des indicateurs climatiques (graphes) pour des alpages, elle est réalisé dans le cadre du projet de recherche Alpages Sentinelles mené au LESSEM. L'utilisateur selectionne un pixel sur une carte afin d'afficher les graphes correspondants à ce pixel, il peut aussi choisir d'autre paramètre comme la période.
Loup France Evolution
Loup France Evolution
Cette application est une cartographie interactive de l'évolution de la présence du loup en France, à partir des données Carmen (répartition par mailles).
Loup Ecrins Genetique
Loup Ecrins Genetique
Cette application est une cartographie interactive de l'évolution de la présence du loup dans le parc national des Ecrins, a partir des données génétique.
PEPR FairCarboN Cartes
PEPR FairCarboN Cartes
L'application permet de visualiser, pour chaque projet du PEPR FairCarboN, la localisation géographiques de ses UMR (1) et ses terrains étudiées (2) sur 2 cartes leaflet distinctes dans le monde.
BiogeoMed
BiogeoMed
This interactive web application has been designed to provide an easy-to-use interface for visualizing multiscale biogeographical structures of plant species distribution in the south of France.
pepr-sva-carte
pepr-sva-carte
Cartographie des unités impliquées dans le PEPR Sélection Végétale Avancée (SVA)
BiogeoFr
BiogeoFr
This interactive web application has been designed to provide an easy-to-use interface for visualizing the major phytogeographical regions of mainland France.
Intersectionality
Intersectionality
This interactive web application has been designed to provide an easy-to-use interface to visualize the gender-, age- and educational-based mismatch in hourly population profiles at district level in France.
pepr-ae-n-cartes
pepr-ae-n-cartes
L'application permet de visualiser, pour chaque projet du PEPR Agroécologie & Numérique, la localisation géographiques de ses unités sur une carte leaflet.
bdplacettes
bdplacettes
Visualisation des données liées à la bd_placettes et statistiques descriptives de base
AHIA
AHIA
This interactive web application has been designed to provide an easy-to-use interface to visualize socio-ecological interactions at different scales in 16 case studies across Europe. It was developed as part of a research project funded by the ALTER-Net network through the AHIA funding instrument.
pepr-sva-carte-unites-tutelles-projet-discipline
pepr-sva-carte-unites-tutelles-projet-discipline
Cartographie des unités impliquées dans le PEPR Sélection Végétale Avancée (SVA), filtre par tutelle, projet et discipline.
ShinyIDEA
ShinyIDEA
ShinyIDEA permet d'uploader un fichier de données issu de la méthode IDEA4 et de visualiser des premiers résultats synthétiques avant d'exporter des rapports complets sous différents formats.
wgeel-shiny-di
wgeel-shiny-di
Permet à des utilisateurs d'intégrer leur bases de données dans un base de données postgresql tout en faisant un ensemble de vérification au préalable.
Moulinette pesée
Moulinette pesée
Outil de conversion des fichiers de pesée issus de la balance bovins vers un format directement importable dans Margau.
Plateforme Sargasse
Plateforme Sargasse
Application pour prédire les caractéristiques des effluents en sortie de plateforme de stockage de sargasses
VINOSCREEN
VINOSCREEN
VINOSCREEN est une application cartographique visant à calculer, à partir d'images aériennes ou satellites, des caractéristiques géométriques de parcelles de vigne (nb de rangs, orientation des rangs, nb de pieds manquants).
SOMbrero
SOMbrero
Online version of the shiny application of the R package SOMbrero to performs Self Organizing Maps.
ShinyHeterocop
ShinyHeterocop
Cette application permet d'estimer un réseau de corrélations entre des variables mixtes (continues et discrètes) en grande dimension. Elle se base sur l'hypothèse d'une structure latente Gaussienne et estime la matrice de corrélation de la copule Gaussienne associée.
OWA
OWA
This interactive web application has been designed to provide an easy way to generate OWA weights according to a certain level of risk and trade-off using truncated distributions.
izi-eval
izi-eval
IZI-Eval propose des fonctionnalités complémentaires à celles du logiciel DEXi, afin de faciliter l'évaluation multicritère de la durabilité de systèmes de culture :
1. Mise à disposition de valeurs de références calculées avec les données du réseau DEPHY FERME (filières grande culture et arboriculture) ;
2. Analyses de sensibilité de modèles DEXi pour les concepteurs de nouveaux modèles et pour identifier les critères les plus importants à renseigner ;
3. Représentation des évaluations sous la forme de tableaux synoptiques (puis dans un second temps de graphiques et rapports automatiques).
https://izi-eval.sk8.inrae.fr
justep
justep
Ajustement de différents modèles statistiques de courbes de réponse (réponse culture vs indicateur de disponibilité en éléments minéraux du sol).
Snowload
Snowload
L'application fournit un accès direct aux valeurs extrêmes de charges de neige dans des conditions climatiques passées et futures en Europe, sur la base d'ensembles de données de réanalyses régionales et de projections climatiques régionales (CMIP5-EUROCORDEX) fournies par Copernicus. Il permet aux utilisateurs de visualiser les charges caractéristiques de neige (niveaux de retour 50 ans) en fonction de l'altitude et de la localisation.
MF1.2-1ha Simulator
MF1.2-1ha Simulator
Exploration interactive de scenario de simulation du modèle MF1.2-1ha du projet Atcha.
arbocartoR app
arbocartoR app
L'application permet de simuler la dynamique spatio-temporelle de populations de moustiques Aedes (albopictus et aegypti) dans divers environnements et la dynamique de transmission de trois arboviroses : dengue, zika, chikungunya.
BilHN
BilHN
BilHN est un outil d’aide à la décision ayant été développé sur l’Unité Expérimentale d’Auzeville par Jean Marie NOLOT (UMR Agir, Toulouse). C’est un modèle de culture à pas de temps journalier qui permet, pour les principales espèces de grandes cultures et à l’échelle de la parcelle cultivée, d’établir un diagnostic des ressources en eau et en azote disponibles pour les plantes en fonction des conditions pédologique, climatiques et des interventions techniques. Intégrant les données climatiques et géographiques de la parcelle, les caractéristiques agronomiques et texturales du sol, ainsi que celles de la culture en place, il simule et fournit sous forme graphique l’évolution de l’indice d’interception lumineuse du couvert, son état hydrique et azoté, ainsi que le remplissage de la réserve utile et la quantité d’azote disponible dans le sol. Des paramètres permettent l’ajustement du modèle selon l’expertise des agents, sur la base d’observations et/ou de mesures réalisées au champ (qualité du semis, structuration du sol, teneur en eau dans le sol, reliquats azotés, etc.).
ProDij
ProDij
Webapp to visualise the results of a randomized controlled trial focused on a food voucher intervention targeting fruits, vegetables, and legumes in the Dijon Metropolis area. This interface offers the possibility to view regression results on different income levels while varying the sample sizes and the models used.
first-inf
first-inf
L'application permet, à partir de données de mortalité en élevage de volailles rentrées par l'utilisateur, de calculer les dates les plus probables de la première infection par un virus influenza aviaire hautement pathogène. L'application est basée sur un modèle épidémiologique classique de type SEIR, et l'estimation de la date de la première infection utilise un algorithme d'Approximate Bayesian Computation.
Rnem
Rnem
Rnem permet de simuler les dynamiques des interactions entre nématodes phytoparasites (nématodes à galles) et système racinaire des plantes. L'évolution de la virulence des nématodes face à des rotations de cultivars résistants et sensibles est une des applications principales.
MC2
MC2
MC2 est un projet du pôle Astra (Analyse stratégique de l'information) de la DipSO visant à mutualiser les mots-clés employés dans les différentes études de bibliométrie et de veille. MC2 permettra aux utilisateurs de trouver l’information relative aux différentes études et projets archivés via une interface d’interrogation sur les métadonnées (nom de l’étude, texte intégral, auteurs, structures institutionnelles, ...)
Mapping-Reporting
Mapping-Reporting
Interface de reporting de mapping issues de l'application web metexplore.
GraphstatsR
GraphstatsR
GraphstatsR est une application permettant le l'analyses de données de quantification métabolomiques prétraitées (MS, RMN). Elle permet la génération d'analyse descriptive (ACP), de représentations graphiques type boxplot avec tests statistiques associées, cela avec une interactivité permettant à l'utilisateur d'ajuster au mieux les analyses. Cette application peut traiter des données issues d'autres méthodes à condition de fournir des fichiers d'entrée au bon format.
ExploreMetabar
ExploreMetabar
ExploreMetabar is a shiny application used to explore metabarcoding data (16S, ITS) with interactive plots, integrated statistical tests, and differential analysis.
Automne
Automne
L'application Automne permet le pré-traitement des données de comportement issues des colliers Médria: agréger des datasets, détecter les données manquantes, produire des calculs simples (budgets temps, durées, fractionnement et synchronisation des activités...), et télécharger les résultats produits.
MATrixApp
MATrixApp
MATRiX is a shiny application dedicated to Mining and Analysis of Transcriptomics data using common biostatistic result files (statistical test result table, normalised data table and samples-groups information). This application helps biologists to perform data exploration with PCA, Venn diagrams, StripCharts, volcanoplots, and Heatmap clustering of genes lists (selecting statistical thresholds) and functional enrichment analyses using a connection to enrichr.
Oriole
Oriole
A web application for the automatic filtering of outliers in databases produced by the Walk-over-Weighing (WoW) platform.
Geoflow
Geoflow
Geoflow permet d'automatiser la publication de données et métadonnées sur une multitude de catalogues et d'entrepôts (RDG, geonetwork, PNDB, geoserver ...).
Data Interventions
Data Interventions
Application de suivi des données saisies par les sauveteurs de 6 postes landais pour la saison test 2023 dans le cadre du projet SWYM
Astro Productions
Astro Productions
Cette application légère est un tableau de bord permettant de visualiser les productions de l'unité (à partir de 2021), en fonction du type de production et de l'axe scientifique concerné. La liste filtrée est téléchargeable au format csv.
doi-to-excel
doi-to-excel
Application utilisée pour rechercher automatiquement des informations nécessaires au remplissage des indicateurs qualité de la plateforme Bordeaux Metabolome à partir d'un doi.
PC départemental SMGBL
PC départemental SMGBL
Application de reporting / datavisualisation qui a pour objectif de fournir une série d’indicateurs visuels et synthétiques représentatifs des volumes d’interventions sur les postes de secours ayant pris part au projet SWYM pour la collecte numérique de données via ODK.
Statistiques données VSI
Statistiques données VSI
Cette application permet de visualiser les statistiques des données de la Veille Sanitaire Internationale (selon la pertinence des articles, leur choix de diffusion, les catégories, types de veille, langues détectées ...).
XcaliburIntegrator
XcaliburIntegrator
This tool aims at retreating the output files of the Xcalibur software to merge them into one excel file containing only the estimated amount for each metabolite when doing targeted metabolomics
